Si el propósito es conseguir un trabajo, entonces una pasantía definitivamente es mejor. Puede mantenerse al día con el entorno laboral actual y tiene más oportunidades de quedarse.
Si se trata de ingeniería de software, generalmente se requiere que realices una pasantía en el segundo año, por lo que no tienes que preocuparte tanto. Quizás tu jefe te alcance.
Por último, no es que no sea bueno quedarse en el laboratorio. De hecho, el entorno del laboratorio es relativamente gratuito y hay mucho tiempo para aprender y acumular. Después del trabajo, descubrirás que este tiempo es muy valioso.