La Era Fanerozoica se divide a su vez en tres etapas: la Era Paleozoica (hace 540 millones de años y hace 250 millones de años), la Era Mesozoica (hace 250 millones de años y hace 65 millones de años) y la Era Cenozoica. Era (hace 65 millones de años y ahora). Como sugieren los nombres, representan respectivamente las etapas "antigua", "moderadamente desarrollada" y "nueva" de la evolución biológica.
Cada generación se puede subdividir en varias unidades secundarias. Por ejemplo, la era Paleozoica se divide en los períodos Cámbrico, Ordovícico y Silúrico, del antiguo al nuevo. La famosa biota de Chengjiang y la "explosión de vida del Cámbrico" ocurrieron a principios del Cámbrico. La Era Mesozoica se divide en los períodos Triásico, Jurásico y Cretácico. La Era Mesozoica también se llama Era de los Reptiles; los dinosaurios, ictiosaurios y pterosaurios vivieron en la Era Mesozoica, desde su surgimiento en el Triásico hasta su extinción a finales del Cretácico. El famoso Jehol Biota vivió a principios del Cretácico. La Era Cenozoica se divide en Paleógeno, Neógeno (el Terciario utilizado antiguamente equivale al Paleógeno y Neógeno utilizados actualmente) y el Cuaternario. Aunque las aves, los mamíferos y las plantas con flores comenzaron a aparecer en la Era Mesozoica, no se desarrollaron significativamente hasta la Era Cenozoica. Nuestra historia evolutiva humana tuvo lugar en el Período Cuaternario.