Diferentes estructuras celulares, diferentes organizaciones del genoma y diferentes métodos de replicación del ADN.
1. Las células procariotas no tienen núcleo de las células eucariotas, y su citoplasma sólo contiene una pequeña cantidad de orgánulos, como ribosomas, lisosomas y retículo endoplásmico. Las células eucariotas tienen un núcleo obvio y su citoplasma contiene muchos orgánulos, como las mitocondrias, el aparato de Golgi y el retículo endoplásmico.
2. El genoma de las células procarióticas está organizado como ADN circular y no tiene cromosomas. El genoma de las células eucariotas existe en forma de cromosomas lineales y durante la mitosis se producen fenómenos como la segregación y recombinación cromosómica.
3. El método de replicación del ADN de las células procarióticas es la replicación en un solo punto, es decir, la replicación del ADN comienza desde un punto y avanza en dos direcciones simultáneamente. El método de replicación del ADN de las células eucariotas es la replicación de doble punto, es decir, la replicación del ADN comienza desde múltiples puntos y avanza en dos direcciones.