El futuro del Reino de Sicilia. La subida al trono del joven gobernante Federico en 1197 afectó fuertemente al futuro cercano de Sicilia para una tierra tan acostumbrada a aceptar la centralización real, la época del rey. Su infancia resultó en una grave pérdida de poder. Para proteger la herencia de Federico, su tío Felipe nombró regente al margrave von Ancona de Ancona. Al mismo tiempo, el Papa reafirmó la autoridad de la Santa Sede en Sicilia. Al reconocer los derechos de herencia de Federico, el Papa verá cómo el poder de la Santa Sede en Sicilia se reduce en los próximos 10 años, y será difícil decidir a quién apoyar en muchas ocasiones.
Sin embargo, el control del poder de la familia Hohenstaufen aún no estaba seguro. Walter III de Brian se casó con la hija de Tancredo y vino al sur para reclamar el reino en 1201. En 1202, un ejército liderado por Walter de Bolivia, el ministro siciliano, y Diport, conde de Issel, fueron derrotados por Walter Macard y murió en la batalla, y Federico cayó en manos de Capellon, un aliado de los pisanos bajo el control de Guillermo. , Deport continuó luchando en el continente con Walter hasta su muerte en 1205. Dubot finalmente recuperó a Federico de manos de Guillermo en 1206 y entregó la tutela al ministro Walter. Walter y Dubot se pelearon poco después, y este último ocupó el palacio y lo asedió finalmente en 1207. Después de diez años, la guerra por la regencia y el trono finalmente había terminado.
Federico llevó a cabo reformas basadas en el Código Ariano de su abuelo Roger y promulgó la Constitución de Malfi en 1231, un conjunto de leyes sumamente destacadas para esa época y que fue adoptada en 1231. Este conjunto de leyes sirvió como revelación durante mucho tiempo. Este conjunto de leyes convirtió al Reino de Sicilia en una monarquía y en el primer país de Europa en transformarse de un sistema feudal a un poder centralizado. Relativamente sin cambios, la Constitución de Malfi siguió siendo la base del derecho siciliano hasta 1819.
El sucesor de Federico II en Sicilia fue su concubina Manfield. Gobernó Sicilia durante 15 años mientras que otros descendientes de Hohenstaufen estaban ocupados en Alemania. La familia Hohenstaufen tuvo una gran influencia en Sicilia. Su reinado terminó con los angevinos. invasión en 1266 y la muerte de Conradino, el último heredero varón. El conflicto entre la familia Hohenstaufen y la Iglesia provocó una invasión de Sicilia en 1266 por parte de Carlos I, duque de Anjou. En 1282, el descontento con los funcionarios franceses y los impuestos llevaron a la rebelión de las Vísperas de Sicilia, que condujo a la exitosa invasión de Pedro III de Aragón. La Guerra de las Vísperas de Sicilia resultante duró hasta el Tratado de Courtbolt en 1302. Simplemente se detuvo.
El tratado de paz dividió el antiguo Reino de Sicilia en dos partes. Sicilia fue conocida como "Reino de Sicilia más allá del Faro" o Trinacria, entonces llamada Reino de Sicilia. Según los eruditos modernos, el Reino de Nápoles pertenecía a Federico III y ya estaba bajo su gobierno, por lo que el tratado de paz es un reconocimiento formal del inestable “status quo”.
Sicilia fue gobernada como un reino independiente por parientes del rey de Aragón hasta 1409, y luego fue incorporada al Imperio aragonés. El Reino de Nápoles fue gobernado por los angevinos hasta Alfonso Aragón (Alfonso V de Aragón). V capturó Nápoles el 26 de febrero de 1443 y unió por la fuerza los dos tronos, sin embargo, tras la muerte de Alfonso, se dividieron y Nápoles pasó a su hijo Fernando I, Aragón y Sicilia pasaron a su hermano Juan II de Aragón. Entre 1494 y 1503, los reyes franceses Carlos VIII y Luis XII, de ascendencia angevina, intentaron conquistar Nápoles en sucesivas invasiones, pero fracasaron (ver Guerras italianas).
El título de Rey de Sicilia lo ostentó el Rey de Aragón hasta 1516, luego el Rey de España hasta 1707, y el Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico de 1707 a 1735, hasta que Carlos, Duque de Parma, Pori invadió España y se convirtió en Carlos VII de Nápoles y Sicilia, y sus descendientes gobernaron ambos lugares hasta la unificación de Italia en 1861. De 1816 a 1861, los dos reinos se unificaron bajo el nombre de Reino de las Dos Sicilias.
En 1530, para impedir que el Imperio Otomano invadiera Roma desde el sur, el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Carlos V, que también era Carlos V de Aragón, selló permanentemente las islas de Malta y Gozo con los Caballeros. Anualmente se recogía un halcón maltés por la tarifa anual y se entregaba al gobernador de Sicilia el día de los Difuntos. Las Islas Maltesas habían sido parte del Ducado de Sicilia y más tarde del Reino de Sicilia desde 1127, y la relación feudal entre las dos todavía existía durante el reinado de los Caballeros hasta que fueron expulsados de Malta por Napoleón en 1798.