En la década de 1990 se inició oficialmente la primera excavación del Pozo nº 2 de los Guerreros y Caballos de Terracota.
En 1994, se desenterraron 8 figuras coloridas del pozo número 2, incluida una figura extremadamente rara de cara verde, cuya cabeza y rostro estaban cubiertos con una capa de color rosa verdoso. Ha habido controversia en el mundo académico. Algunas personas piensan que las figuras de caras verdes fueron hechas por artesanos accidentalmente, mientras que otros piensan que fueron imitadas por francotiradores de la dinastía Qin, pintadas de verde a modo de camuflaje y escondidas en la jungla. Durante la dinastía Qin, se describía que las mujeres o los ancianos tenían el pelo verde. Además de las caras de las figuras, la luz de fondo debajo de las cabezas de algunas figuras de caballos también es verde. Incluso podría haber figuras con caras azules que la gente nunca antes había visto.
Debido a su pequeña superficie, el Pozo No. 3 fue completamente excavado ya en 1989. Las áreas de excavación del Pozo No. 1 y del Pozo No. 2 son aún muy pequeñas. El primero es sólo una séptima parte del área total y el segundo es una sexta parte.
A principios de 2003, un equipo arqueológico descubrió una tumba antigua a unos 500 metros frente al Museo de los Guerreros y Caballos de Terracota de Qin y limpió el lugar de un horno donde se cocían ladrillos para el mausoleo de Qin Shihuang. 121 huesos humanos en él. Después de la identificación del ADN, uno de los esqueletos tenía "características de Europa occidental y Asia". Se especula que este hueso humano pertenece a los "trabajadores extranjeros" que ingresaron al estado de Qin desde Europa y Asia.
Desde finales de abril de 2015 se ha excavado por segunda vez el Pozo nº 2 de los Guerreros y Caballos de Terracota.