El Senado de la Universidad, compuesto por profesores de tiempo completo, asesora sobre política educativa y propone candidatos para títulos honoríficos. Además, también se pueden establecer comités especiales, como un comité departamental integrado por 22 personas, que sirvan de vínculo entre el departamento y la organización gestora. El Gobierno Asistente Estudiantil y el Consejo de Estudiantes de Posgrado se eligen de manera similar y representan a los estudiantes de pregrado y posgrado en enlace con los órganos de gobierno de la universidad.
La Universidad Northwestern consta de 11 escuelas y colegios. Los departamentos de cada escuela están compuestos por el presidente de la universidad, el rector, los decanos de la universidad y la oficina de asuntos académicos. La misión del departamento es enseñar, investigar, supervisar a los estudiantes y participar en el trabajo de los comités. El comité de votación de cada departamento (profesor asistente o superior) determina las necesidades de gestión, los requisitos de grado, los cursos, las disciplinas y las recomendaciones de grado.
En 2007, la donación de la Universidad Northwestern aumentó un 11,4% hasta los 7.243 millones de dólares, lo que la convierte en la octava universidad más alta de los Estados Unidos. De 1997 a 2007, la tasa de crecimiento promedio de las donaciones fue del 13,4. Además, la universidad recibió 654,38 millones de dólares en donaciones y otro tipo de apoyo entre 2006 y 2007. En 2007, la universidad vendió su patente sobre el analgésico pregabalina (inventado por el profesor de la Universidad Northwestern Richard Bruce Silverman) por 700 millones de dólares, la patente más cara de la historia. Las donaciones recibidas por la universidad se utilizan para brindar ayuda financiera, investigación y construcción.