Durante la Guerra de Liberación ya no existía un Departamento Político y Militar y un Departamento de Estado Mayor (nunca se había llamado así).
Después de la segunda Expedición al Norte del Kuomintang en 1928 para establecer un Gobierno Nacional formalmente unificado, el 11 de noviembre de 1928 se estableció el Ministerio de Asuntos Militares. El primer ministro fue Feng Yuxiang. En 1930, He Yingqin se convirtió en ministro y sirvió durante 14 años hasta que fue reemplazado por Chen Cheng en 1944.
El sistema militar del Gobierno Nacionalista antes de la Guerra Antijaponesa se inspiró en Japón, por lo que también estableció un Cuartel General del Estado Mayor, un Senado Militar y una Dirección de Entrenamiento.
Después del estallido de la Guerra Antijaponesa, el sistema militar fue reformado y la Comisión Militar quedó bajo la jurisdicción de cuatro departamentos: el Departamento Militar y Administrativo (que permaneció sin cambios), el Departamento de Mando Militar ( reorganizado a partir del Cuartel General del Estado Mayor), y el Departamento de Formación (reorganizado a partir del Departamento del Director General de Formación), Departamento Político (recién creado). El Senado Militar original pasó de estar subordinado al Yuan Ejecutivo a estar subordinado a la Comisión Militar bajo el sistema de tiempos de guerra.
Tras la victoria de la Guerra Antijaponesa, bajo presión de Estados Unidos, se abolió la Comisión Militar y se estableció el Ministerio de Defensa, con Bai Chongxi como primer ministro. Chen Cheng se convirtió en el primer Jefe de Estado Mayor del Ministerio de Defensa Nacional.