Incluso si los amonites evolucionaron a partir de los nautilos, es posible que aquellos con niveles evolutivos más bajos no necesariamente se extingan primero. Además, cuando las amonitas florecieron, los nautilos ya habían comenzado a declinar, y sólo existen un género y un puñado de nautilos.
Los amonitas se extinguieron junto con los dinosaurios. El motivo de su extinción es un tema que los estudiosos discuten a menudo y aún no existe una explicación unificada.