El Departamento de Energía de Estados Unidos comenzó a cooperar con IBM en 2000 y planeó invertir fondos para desarrollar una supercomputadora para explorar la dirección del diseño de computadoras de alto rendimiento. El resultado del diseño y desarrollo de ambas partes es el gen azul que vemos ahora. Blue Gene es capaz de procesar grandes cantidades de datos y está específicamente optimizado para ancho de banda, escalabilidad y potencia informática, al tiempo que consume una fracción de la energía y el espacio de los sistemas más rápidos de la actualidad.
En 2003, después de tres años de investigación y desarrollo, finalmente apareció el prototipo de Blue Gene. En noviembre de ese año, ocupó el puesto 73 en el TOP500. Posteriormente, Blue Gene ocupó rápidamente el ranking TOP500 paso a paso en medio año. En junio de 2004 ocupó el cuarto lugar; en noviembre de 2004 ocupó el primer lugar, con una velocidad de 70 teraflops, superando a Earth Simulator, que había ocupado la primera posición durante varios años. En marzo de 2005, hubo 135 billones de veces, y en noviembre de 2005, hubo 280,6 billones de veces.
A partir del TOP 500 publicado en noviembre de 2005, Blue Gene tiene 19 unidades en la lista, 5 de las cuales están entre las 20 primeras, y sigue siendo campeón y subcampeón. La supercomputadora más rápida del mundo, Blue Gene, está instalada en el Laboratorio Nacional Lawrence Livermore de la Administración Nacional de Seguridad Nuclear del Departamento de Energía de EE. UU. Tiene 131.072 procesadores PowerPC instalados en 64 bastidores.
Blue Gene es una nueva solución revolucionaria proporcionada por IBM. Durante la instalación, puede optar por instalar solo 1 juego de bastidores en 64 juegos de bastidores, lo que puede proporcionar a los usuarios un conjunto de soluciones altamente escalables. Blue Gene no sólo es una supercomputadora altamente escalable, sino que también es muy eficiente. La arquitectura especialmente diseñada de Blue Gene permite la implementación de procesadores, memoria y sistemas de interconexión de alta densidad. Su menor consumo de energía y su menor tamaño también lo convierten en un líder de la industria.