En el modo subjuntivo, como si yo fuera un niño (si fuera un niño), ¿por qué aquí no se usa el verbo be sino we?

Porque este es el modo subjuntivo. En el modo subjuntivo, si es algo que no puede suceder. Por ejemplo, aquí eres una niña, no puedes ser un niño, entonces usas el modo subjuntivo. if va seguido del verbo "be". Deberías usar were en lugar de was. Por ejemplo, si yo fuera un pájaro.