Los graduados o profesores de las antiguas universidades imperiales de Japón representan más de la mitad de los ganadores del Premio Nobel de Asia. Entre ellas, la Universidad de Tokio, la Universidad de Kyoto y la Universidad de Nagoya han producido la mayor cantidad de premios Nobel en Japón e incluso en Asia.
Shibasaburo Kitasato y Hideki Noguchi fueron los primeros japoneses nominados al Premio Nobel. Sin embargo, el Premio de Fisiología o Medicina de 1901 fue otorgado únicamente a Emil Adolf von Behring, ignorando a Bailey, quien codesarrolló con él la terapia con suero y dirigió la investigación sobre antitoxinas. Esto hizo que el Premio Nobel fuera discriminatorio desde el principio.
La teoría errónea de que el Premio de Fisiología o Medicina de 1926 fue otorgado a Johannes Fiebiger ignoraba el hecho de que las primeras personas en el mundo en inducir artificialmente un cáncer fueron Sanji Saburota y Shikawa Koichi. Porque los jueces abogaron por "No dejar que los amarillos ganen el premio prematuramente". El "Premio Nobel de Investigación sobre el Cáncer" presentado por la Enciclopedia Británica ahora sólo menciona los logros de Yamagata y elimina por completo a Fibig.
El Premio de Química de 1929 ignoró a Baitaro Suzuki, quien fue el primero en extraer tiamina con éxito en el mundo, porque la traducción alemana del artículo de Suzuki no fue promocionada como "la primera en el mundo".
De 1951 a 1963, 6 personas fueron nominadas al Premio de Física y al Premio de Química. Posteriormente, el Premio de Física de 1969 fue otorgado únicamente a Murray Gell-Mann, ignorando a Kazuhiko Nishijima quien propuso la relación Gel-Mann-Nishiyama Rei. El Premio de Química de 1996 ignoró a Yamato Hideyoshi, quien fue el primero en el mundo en predecir la existencia de moléculas C60, porque el artículo de Yamato no fue traducido y los jueces no entendían japonés. Debido al descubrimiento de la oscilación de neutrinos en 1998, Yoji Totsuka, que se consideraba "seguro que ganaría el premio", nunca ganó el premio en toda su vida.
Hasta el siglo XXI, los japoneses todavía eran excluidos del Premio Nobel muchas veces. Debido a que durante mucho tiempo se ha subestimado la fuerza científica de Japón, muchos japoneses no fueron nominados o quedaron fuera.