El primer espectrómetro de masas fue construido por el científico británico Francis William Aston en 1919. Aston descubrió muchos isótopos, estudió 53 elementos no radiactivos, descubrió 212 de los 287 nucleidos naturales y demostró por primera vez un defecto de masa atómica. Por ello ganó el Premio Nobel de Química en 1922.
En la década de 1920, la espectrometría de masas se convirtió gradualmente en un método analítico y fue utilizada por los químicos. La espectrometría de masas se ha utilizado ampliamente en el análisis de sustancias orgánicas desde la década de 1940. 1966, M.S.B. Munson y F.H. Field
Hablando de ionización química (CI), la espectrometría de masas pudo detectar por primera vez biomoléculas térmicamente inestables. En la década de 1980, con la aparición de nuevas técnicas de "ionización suave", como el bombardeo atómico rápido (FAB), la ionización por electropulverización (ESI) y la desorción por láser asistida por matriz (MALDI), la espectrometría de masas podía utilizarse para analizar sustancias volátiles y altamente polares. Debido al rápido desarrollo de la espectrometría de masas biológica para muestras química y térmicamente inestables, se ha convertido en uno de los puntos calientes de la ciencia moderna. Con sus ventajas de rapidez, sensibilidad y precisión, así como las ventajas del análisis de secuencia de proteínas y el análisis de modificación postraduccional, la espectrometría de masas biológica se ha convertido indiscutiblemente en el medio más importante para analizar e identificar péptidos y proteínas en proteogenómica. La espectrometría de masas puede proporcionar información estructural rica en un solo análisis, y la combinación de tecnología de separación y espectrometría de masas es un gran avance en la ciencia de la separación. Por ejemplo, el uso de espectrometría de masas como detector para cromatografía de gases (GC) se ha convertido en una tecnología de GC estandarizada y se utiliza ampliamente. Dado que la GC-MS no puede separar sustancias inestables y no volátiles, se desarrollaron la cromatografía líquida (LC) y la espectrometría de masas. LC-MS puede detectar simultáneamente la posición de los glicopéptidos y proporcionar información estructural. En 1987, se informaron por primera vez la electroforesis capilar (CE) y la espectrometría de masas. CE-MS puede obtener simultáneamente información sobre el tiempo de migración, el peso molecular y la fragmentación en un solo análisis, por lo que es un complemento de LC-MS.
Entre muchos métodos de prueba analíticos, la espectrometría de masas se considera una opción altamente A. método universal de especificidad y sensibilidad y ha sido ampliamente utilizado. El desarrollo de la tecnología de espectrometría de masas es de gran importancia para la investigación científica básica, la defensa nacional, el aeroespacial y otros campos industriales y civiles.