La rebelión es buena. En el juego, los colores representativos del valor ejemplar son el verde y el azul, y los colores representativos del valor rebelde son el rojo. Al final de la historia, el color representativo de elegir controlar a los Reapers es el azul, el color representativo de fusionar la vida orgánica y la vida mecánica es el verde y el color representativo de destruir a los Reapers es el rojo. En la historia, la misión de los humanos y las especies en otros planetas es destruir a los Reapers que "cosechan" la civilización orgánica avanzada cada 50.000 años, y el Comandante Shepard es el líder de este ejército de resistencia. Como soldado, su misión es destruir a los Reapers. Es por eso que cuando elijas destruir a los Reapers al final, verás al almirante Anderson reuniendo las últimas fuerzas de su vida y levantando su arma sin dudarlo. Si eliges controlar o fusionarte con los Reapers, ¿no serías "civilizado" por los Reapers?
La luz azul siempre ha representado un modelo a seguir en el juego, mientras que la luz roja representa la rebelión, pero si lo piensas bien, la elección final es la contraria. Anderson, que destruyó a los Reapers, era un traidor, pero el Hombre Ilusorio que tomó el control de los Reapers era un modelo a seguir azul. De manera similar, el "catalizador" también apareció en la imagen del niño que más le importaba a Shepard, usando un cuerpo virtual azul. Y cuando se menciona la opción roja, simplemente se dice que es la peor opción. Cuando se trata de la opción azul, se dice que es una buena opción y que sólo la rampa puede hacerlo. Incluso el Hombre Ilusorio es demasiado débil para controlarlos. Cuando se trata de la opción verde, se enfatiza que ésta es la mejor opción y el punto culminante de la evolución de la vida. Pero, de hecho, ¿no es esta combinación de orgánico e inorgánico exactamente lo que hace Reaper? Utilice el ADN y la esencia vital de criaturas orgánicas para crear cuerpos de máquinas y convertirse en criaturas híbridas orgánicas e inorgánicas, que son los propios segadores. Si realmente elige esta aparentemente mejor opción, Shepard se rendirá y pasará a formar parte del control de Reaper, lo cual es una trampa muy insidiosa.