Al igual que el sistema de dos híbridos, el sistema de tres híbridos tiene una amplia gama de aplicaciones. <1> Este sistema se puede utilizar para analizar y determinar el dominio estructural preciso de la interacción ARN-proteína, o incluso un solo nucleótido o residuo de aminoácido. <2> Se utiliza para identificar y clonar proteínas que se combinan con ARN con funciones fisiológicas importantes (como transcripción, localización, empaquetado e infección de virus de ARN, etc.) y se puede utilizar para la investigación de mecanismos reguladores, la prevención y el tratamiento de enfermedades, y la desarrollo de medicamentos antivirales. <3> Mediante la construcción de una biblioteca de ARN híbrida, se puede detectar el ARN que se une a proteínas específicas. <4> Es posible desarrollar un sistema de cuatro híbridos sobre esta base para estudiar las interacciones ARN-ARN.