Tras la fundación de la Nueva China, el negocio aduanero se redujo considerablemente debido al bloqueo económico imperialista. A principios de 1950, el Consejo de Estado decidió abolir la Aduana de Chongqing. Después de la Tercera Sesión Plenaria del XI Comité Central, con el fin de satisfacer las necesidades de reforma y apertura, en mayo de 1980, el Consejo de Estado aprobó el establecimiento de la Aduana de Chongqing de la República Popular China, responsable de las aduanas de importación y exportación. Negocios de la provincia de Sichuan, con una superficie total de más de 560.000 kilómetros cuadrados. El 28 de agosto del mismo año, el primer barco cargado con 4.000 toneladas de acero de exportación bajo la supervisión de la Aduana de Chongqing partió del puerto de Chongqing. A partir de entonces, se inauguró oficialmente el "primer paso por el tramo superior del río Yangtze".
En julio de 1984, la Aduana de Chongqing fue ascendida al nivel de departamento, bajo la cual se encontraba la Subdivisión de Aduanas de Chengdu. En julio de 1989, la Aduana de Chengdu estaba directamente afiliada a la Administración General de Aduanas. Además de Chongqing, la Aduana de Chongqing también gobierna 58 condados (ciudades) en el este y sur de Sichuan, incluidos Zigong, Luzhou, Yibin, Wanxian, Fuling, Daxian, Nanchong, Guang'an y Bazhong, con un área aduanera de 230.000 metros cuadrados. kilómetros. En marzo de 1997, la Quinta Sesión de la Octava Asamblea Popular Nacional aprobó una resolución para establecer Chongqing como municipio directamente dependiente del Gobierno Central. El 1 de agosto del mismo año, la Administración General de Aduanas ajustó el alcance del Área Aduanera de Chongqing a la División Administrativa de Chongqing, cubriendo un área de 82.400 kilómetros cuadrados.
El 12 de mayo de 1995, el Consejo de Estado aprobó el establecimiento de aduanas en la Zona de Desarrollo Económico y Tecnológico de Chongqing y el condado de Wanxian, que estaban subordinadas a la Aduana de Chongqing. En junio de 1998, la Aduana de la Zona de Desarrollo Económico y Tecnológico de Chongqing y la Aduana de Wanxian abrieron oficialmente sus actividades aduaneras después de casi tres años de preparación. En junio de 1999 se creó la Subdivisión de Investigación de Delitos de Contrabando en la Aduana de Chongqing. Del 65 de junio de 438 al 1 de octubre de 2003, la Subdivisión de Investigación de Delitos contra el Contrabando de la Aduana de Chongqing pasó a llamarse Oficina Anticontrabando de la Aduana de Chongqing. El 18 de junio de 2003, la Aduana de Wanxian pasó a llamarse Aduana de Wanzhou.