Al no obtener respuesta, se prepararon para investigar ellos mismos a Ann Brera. Centrarán sus esfuerzos en investigar las operaciones de la sede europea de Ann Brera. Dado que la responsabilidad principal de STARS es mantener segura a Raccoon City, Jill decide quedarse en Raccoon City para investigar las instalaciones de investigación de Brela y luego viaja a Europa para reunirse con Chris. Esta decisión involucró una vez más a Gil en el incidente de Raccoon City. Durante el curso de la investigación, roedores infectados con el virus T entraron en Raccoon City y comenzaron a infectar a los residentes locales. Ann Brera, la mente maestra detrás de escena, también rápidamente comenzó a actuar. Ann Brera envió al Equipo de Respuesta a Riesgos Biológicos, o U.B.C.S., para hacer frente a la situación. Al mismo tiempo, también lanzaron un arma biológica con el nombre en código Vengadores (Tracer) para cazar a los supervivientes restantes de STARS. Jill debe intentar escapar de los perseguidores y escapar de Raccoon City. Durante este período, conoció accidentalmente a Carlos Oliveira, miembro de la U.B.C.S. Dado que la misión de Carlos era rescatar a los supervivientes, nunca dudó de la misión. Entonces también se ofreció a ayudar a Jill a escapar. Aunque Jill tenía algunas dudas, no tuvo tiempo de pensar demasiado debido a la crítica situación. Para controlar la propagación del virus, el gobierno de Estados Unidos se está preparando para lanzar un misil especial para arrasar Raccoon City. El nombre en clave de este plan es Bacillus Terminate. Jill casi muere a causa de la infección viral del rastreador.
Afortunadamente, Carlos encontró un suero que podía curar el virus T. Después de recuperarse un poco, Gil y Carlos se unen para escapar con éxito de Raccoon City. En 2003, tras la Operación T-A.L.O.S., Jill y Chris se convirtieron en uno de los 11 miembros originales de la BSAA. También luchan contra las armas biológicas y el bioterrorismo en todo el mundo. Chris y Jill detuvieron el desarrollo de armas biológicas y químicas en Asia, destruyeron laboratorios de armas biológicas y químicas en América del Sur y arrestaron a algunos contrabandistas de armas en Europa. Quieren eliminar las armas químicas y biológicas. Todos sospechaban que Ann Brera estaba detrás de estas operaciones, pero no encontraron ninguna prueba concluyente. Pero todas estas pistas apuntan a un hombre: Oswell E. Spencer, el fundador de Ann Brera. Rápidamente descubren el paradero de Spencer, pero descubren que Wesker también está allí. Vieron el cuerpo agachado de Spencer... En la batalla con Wesker, Wesker mostró su extraordinaria fuerza y habilidad. A pesar de su experiencia, perdieron ante el fenomenal Wesker. Cuando Wesker estaba a punto de acabar con Chris, Jill se abalanzó sobre Wesker y cayó por el acantilado con su antiguo enemigo. Y Chris sólo podía ver a sus socios y enemigos perecer juntos. Más tarde, la BSAA envió un equipo de búsqueda a gran escala para buscar a Gill, pero no se encontró ningún rastro de él. El 23 de octubre de 2006, Jill Valentine fue declarada oficialmente muerta. Su nombre fue incluido en la lista de muerte de la BSAA. Pero la historia de Jill no termina ahí. Ni Jill ni Wesker murieron después de que Jill se cayera del acantilado. Jill resultó gravemente herida y perdió el conocimiento. Wesker rescató a Jill y, después de darle el tratamiento necesario, puso a Jill en una cámara de hibernación criogénica. Una vez que se complete el proyecto Uroboros, Wesker utilizará a Jill como su primer experimento. Esta es la venganza de Wesker.
Sin embargo, esta vez, la diosa de la suerte todavía favorecía a Jill. Los órganos vitales han detectado algunos cambios anormales en sus signos vitales y el cuerpo de Jill también está cambiando. Wesker sentía mucha curiosidad por esto y más investigaciones demostraron que había una variante del virus T en el cuerpo de Jill. Es una reliquia de su infección en Raccoon City.
Originalmente, el suero en ese momento debería haber eliminado todos los virus, pero esa vez solo provocó que los virus entraran en un estado inactivo, y ahora los virus han brotado nuevamente. El virus T desaparece milagrosamente poco después de la recuperación, pero deja algo atrás. Wesker descubrió que Jill era extremadamente resistente al virus. Pero esto no es un milagro a corto plazo, sino que debido a la presencia prolongada del virus en el cuerpo de Jill, su cuerpo ha establecido un sistema de defensa. Este descubrimiento amplió aún más las ambiciones de Wesker. Debido a que el virus Uroboros se originó a partir de una planta ancestral (la flor utilizada en la ceremonia Nidipaya), es altamente tóxico para los humanos y los humanos a menudo mueren incluso antes de comenzar a evolucionar. Wesker cree que los anticuerpos del cuerpo de Jill pueden reducir la toxicidad del virus. Mantuvo viva a Jill para extraer los anticuerpos. La ironía es que Gill siempre ha odiado las armas biológicas y químicas y ha dedicado su vida a combatirlas, pero ahora se ha convertido en una herramienta para el desarrollo de armas biológicas y químicas. Después de continuas investigaciones y experimentos, Wesker finalmente logró que el virus Uroboros alcanzara un estado perfecto. Como muestra de investigación, Jill ya no es adecuada como probadora de virus porque ya tiene sustancias que son completamente resistentes al virus. Wesker empezó a pensar en buscar otro experimento.
Cuando estaba estudiando el virus progenitor, descubrí accidentalmente una sustancia química. Los investigadores lo llaman P30. Cuando el objetivo experimental usa esta sustancia, puede adquirir una fuerza sobrehumana, pero también puede controlarse fácilmente. Se puede decir que el P30 es una buena sustancia fortalecedora. El Proyecto Uroboros tiene como objetivo crear un nuevo tipo de ser humano. Aunque el P30 no es nada comparado con este plan. Pero puedes ganar dinero extra fabricando productos. Paralelamente a los proyectos P30 y Las Plagas, también se estaba realizando un estudio para crear soldados que no desobedecieran las órdenes. Pero el P30 tiene un defecto fatal. Sus efectos duran poco tiempo. La sustancia P30 inyectada se eliminará con el metabolismo del cuerpo, por lo que es necesario reponer el medicamento con frecuencia. Esto reduce en gran medida la utilidad del producto como potenciador duradero. La única manera de remediar este inconveniente es instalar un dispositivo especial en el objetivo para proporcionar un suministro continuo del fármaco. P30 es un fármaco potente y eficaz, aunque tiene efectos a corto plazo. Debido a que los efectos de las inyecciones a largo plazo aún no se han probado en humanos, los investigadores usaron el dispositivo en Jill para realizar más estudios. Un dispositivo externo está conectado al pecho de Jill y proporciona un suministro constante de medicación. Poco a poco, su sentido de identidad fue reemplazado y Jill trabajó para Asera y Wesker hasta que Chris y Sheva le quitaron el dispositivo a Jill.